多谢不点回复。

个人认为冲突主要有两点：
1、windows8.1的bootmgr处理方式和grub（包括别的启动管理器有冲突），这个早在Windows8发布前已被包括微软在内的各方确认。
2、关键是windows8没有出问题而2012R2出问题，那么我认为问题不是出在bootmgr而是出在2012R2对关机的处理方式，这方面懂的不多，望技术帝解惑。

应邀回复这个帖子，谢谢。

多系统互相干扰、打架，是常见的。抱歉，本人并不熟悉这方面的知识。

重启时有问题，冷启时正常，这似乎暗示，内存已有的数据影响启动过程。具体技术原因，涉及到深层启动逻辑，我感觉这难以猜透。

Windows loader,实际上就是GRUB实现，我也出现这样情况，和引导扇区有关，直接将GRUB写入MBR，注意Windows loader的启动程序个不相同，有的是GRLDR，有的就直接是BOOTMGR，真实的BOOTMGR修改为BOOTWIN了，你要注意分辨！BOOTICE能够实现，并且可以修改启动文件名称！！
我的建议是，自己先把GRUB搞清楚，使用LOADSIC载入SLC2.1在运行BOOTMGR，这样，无论你启动那个系统都有SLIC2.1.只要导入一个对应的证书，和一个序列号就可以激活WIN7.